Para restablecer los ajustes de GNOME presentes en la aplicación Tweaks a los valores predeterminados, inicia Tweaks y, en el menú, haz clic en Reset to Defaults (Restablecer valores predeterminados):

Después de esto, deberás reiniciar la sesión y volverla a iniciar.
En caso de que sospeches que alguna extensión está causando problemas, hay otro elemento de menú aquí que puedes usar para deshabilitar todas las extensiones de la Shell de GNOME. Después de usar esto, puedes habilitar las extensiones que has habilitado, una por una, y ver cuál está causando los problemas.
Hay otra opción distinta a la que he presentado. Se trata de reestablecer todos los ajustes de GNOME almacenados en /org/gnome/ desde la línea de comandos.
Antes de usar el comando dconf reset, es mejor realizar una copia de seguridad. Puedes hacerlo creando una copia de seguridad del archivo ~/.config/dconf/usuario, y restaurándolo más tarde si quieres deshacer los cambios (recuerda reiniciar la sesión si restauras este archivo).
Es posible restablecer no sólo la configuración expuesta en Gnome Tweaks, sino también la configuración de GNOME desde la Configuración del sistema, aplicaciones que almacenan tu configuración de dconf en /org/gnome/, y otras configuraciones de GNOME, usando este comando:
dconf reset -f /org/gnome/
Después de ejecutar el comando, deberás reiniciar la sesión. También puedes reiniciar la Shell pulsando Alt +F2 para introducir un comando: r
El comando dconf reset -f /org/gnome/ restablece cualquier configuración de dconf desde /org/gnome/,incluyendo la configuración del escritorio como el tema GTK, el tema de iconos, el fondo de pantalla, la configuración de energía, la configuración del ratón, los atajos de teclado personalizados y mucho más. Esto también desactiva cualquier extensión de GNOME-Shell que no sea la predeterminada, y restablece todos los ajustes de extensión de Shell almacenados usando dconf a los valores predeterminados.
El comando no sólo restablece la configuración del escritorio de GNOME, sino también cualquier aplicación que almacene tu configuración usando dconf en /org/gnome/, como la Terminal, Archivos, Weather, Software, Rhythmbox, Discos, Evolution, Gthumb, y muchos otros. Algunas aplicaciones (aplicaciones de terceros) no utilizan dconf/GSettings para su configuración, por lo que no se restablecerán – esto incluye Google Chrome, Chromium, Opera, Vivaldi y Firefox, VirtualBox, y otros.
GNOME-Tweaks es un programita que hace muy bien su trabajo. En realidad es la ventana que nos ofrece la posibilidad de personalizar nuestro escritorio de GNOME, pero a veces nos aburre ver siempre lo mismo y terminamos personalizando su aspecto y con el paso del tiempo, quizás echemos de menos volver al estado original que GNOME nos presenta out of the box.
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C.C